Po przejęciu władzy przez nazistów w 1933 roku, podjęta została w 1937 roku akcja zwalczania „sztuki wynaturzonej”, w ramach której zajęto 437 dzieł sztuki z Galerii Nowych Mistrzów oraz dzieła z Gabinetu Miedziorytów (Kupferstich-Kabinett) i ze Zbioru Rzeźby (Skulpturensammlung) i sprzedano za granicę. Były to głównie prace ekspresjonistów (Dix, Nolde, , Kokoschka, Grosz, Schmidt-Rottluff, Feininger, Klee, Corinth, Liebermann i inni).
Podczas bombardowania Drezna 13 lutego 1945 spłonęło 196 obrazów załadowanych na samochód ciężarowy; wśród zniszczonych dzieł znalazły się też obrazy z Galerii Nowych Mistrzów (Courbet, Böcklin, Feuerbach, Hodler, Liebermann, Puvis de Chavannes, von Schwind i inni).
Po 1945 Po wojnie niewielki wybór dzieł kolekcji był początkowo eksponowany w pałacu w Pillnitz. Część dzieł zagrabionych w wyniku wojny przez ZSRR powróciła do Drezna. Instytucjonalnie Galeria Nowych Mistrzów została założona dopiero w 1959 roku. Od 1965 roku mieści się ona w Albertinum przy Tarasach Brühla. W czasach NRD Galeria Nowych Mistrzów nabyła lub odkupiła niektóre obrazy Hofera, Feiningera, Noldego, Purrmanna i Schmidt-Rottluffa.