Istotnym zdarzeniem w historii systemu była awaria elektrowni jądrowej w Czarnobylu, do której doszło 26 kwietnia 1986 roku. O sytuacji alarmowej rząd PRL został poinformowany dzięki pomiarom wykonywanym w stacji monitoringu radiacyjnego Służby Pomiaru Skażeń Promieniotwórczych w Mikołajkach, nadzorowanej przez CLOR w Warszawie, kierowane przez prof. Zbigniewa Jaworowskiego. Zwiększoną ilość radionuklidów w powietrzu zanotowano 28 kwietnia, gdy chmura radioaktywnego pyłu dotarła nad terytorium Polski. Analiza promieniotwórczych zanieczyszczeń powietrza wykazała – przed uzyskaniem informacji o wypadku w Czarnobylu – że ich źródłem jest awaria reaktora jądrowego. Identyfikację zagrożenia ułatwiło doświadczenie, które pracownicy CLOR nabyli m.in. kontrolując od połowy lat 60. stopień narażenia personelu medycznego i pacjentów w szpitalach stosujących coraz częściej radioaktywny izotop jodu 131I.