Prawdopodobnie dlatego, że był w Atenach, gdy cesarz Justynian zamknął w 529 roku szkołę ateńską, albo z przyjaźni dla swego mistrza Damascjusza, udał się wraz z nim i pięcioma innymi jego uczniami (Pryscjanem, Eulaliuszem, Hermiasem, Diogenesem i Izydorem) na dwór, sympatyzującego z kulturą grecką, Chozroesa perskiego. W 532 roku został zawarty traktat pokojowy między Persją a Bizancjum. W jednym z postanowień traktatu gwarantowano filozofom przebywającym w Persji powrót do Bizancjum i swobodę wyznawania religii. Po rocznym, lub dwuletnim, pobycie w Persji wygnańcy powrócili więc do Bizancjum i za zgodą cesarza zamieszkali ponownie w Atenach, gdzie musieli sobie radzić pozbawieni dochodów z działalności bractwa akademickiego i opłat uczniowskich. O dalszych losach Symplicjusza nic nie wiadomo. Jako datę śmierci przyjmuje się rok 560.