Spory W XIII i XIV w. cystersi łekneńscy wiedli spór z rodem Pałuków o miasto Skoki z zamkiem i wszystkimi dochodami, który toczył się aż do XVII w. W roku 1394 klasztor łekneński, podobnie jak lądzki, był w konflikcie z arcybiskupem gnieźnieńskim Dobrogostem, który nałożył m.in. na ten klasztor obowiązek zapłacenia dziesięcin od dziesięcin na rzecz Stolicy Apostolskiej. Zakonnicy nie zastosowali się do tych zarządzeń, w wyniku czego nałożono na nich ekskomunikę. Protestując przeciw tym działaniom 13 grudnia 1394 r. brat Fryderyk, profes łekneński, w katedrze gnieźnieńskiej, w obecności arcybiskupa i innych duchownych, odczytał pismo protestacyjne, które miano skierować do papieża Bonifacego IX.
Migracja do Wągrowca Opactwo w Łeknie funkcjonowało tylko do przełomu XIV i XV w. Decyzją opata Tylmana stopniowo przeniesiono je z Łekna do Wągrowca. Początek tego procesu możemy określić na początek lat dziewięćdziesiątych XIV stulecia. Decyzja o migracji, była prawdopodobnie spowodowana problemami inżynieryjno-technicznymi, związanymi ze statecznością kościoła klasztornego w Łeknie. Mogły mieć na nią również wpływ inne czynniki, przede wszystkim gospodarcze, o czym pośrednio wspomina dokument z 1394. Patrz →Spory Proces przenoszenia opactwa trwał ok. 100 lat - do 1493 r.