Halmaheramys – rodzaj ssaków z podrodziny myszy (Murinae) w obrębie rodziny myszowatych (Muridae).
Rozmieszczenie geograficzne Rodzaj obejmuje gatunki występujące w Indonezji w archipelagu Moluków na wyspach Halmahera i Obi.
Morfologia Długość ciała (bez ogona) 143,2–241 mm, długość ogona 119,6–210 mm, długość ucha 18,1–28,4 mm, długość tylnej stopy 27,5–50 mm; masa ciała 72–300 g.
Systematyka Rodzaj zdefiniował w 2013 roku międzynarodowy zespół zoologów (Francuzi Pierre-Henri Fabre i Marie Pagès, Amerykanie Guy Graham Musser i Kristofer Michael Helgen oraz Indonezyjczycy Yuli Sulistya Fitriana i Gono Semiadi) w artykule zatytułowanym Nowy rodzaj gryzoni z Wallacei (Rodentia: Muridae: Murinae: Rattini) i jego znaczenie dla biogeografii i systematyki Rattini w regionie Indo-Pacyfiku, opublikowanym w czasopiśmie „Zoological Journal of the Linnean Society”. Gatunkiem typowym jest (oryginalne oznaczenie) H. bokimekot.