Komisja ekspertów odegrała zasadniczą rolę w wypracowaniu głównego punktu porozumienia ze stroną rządową, dotyczącego wolności zrzeszania się w związki zawodowe, proponując formułę związków „niezależnych i samorządnych”, które jednocześnie akceptowały kierowniczą rolę PZPR „w państwie” (zamiast „w społeczeństwie”, jak brzmiał zapis Konstytucji PRL). J. Staniszkis uznała taki zapis za nazbyt kompromisowy i zrezygnowała z prac w komisji przed końcem negocjacji.
Po podpisaniu porozumienia w dniu 31 sierpnia 1980 komisja ekspertów zakończyła prace w dotychczasowym składzie, a Międzyzakładowy Komitet Strajkowy przekształcił się w Międzyzakładowy Komitet Założycielski, którego celem była rejestracja niezależnego związku. MKZ powołał kolejną grupę doradców w składzie: Lech Kaczyński, Jacek Kuroń i Edward Lipiński (ten ostatni w praktyce nie uczestniczył w pracach grupy). Niektórzy doradcy (B. Geremek, T. Kowalik) pozostali w Gdańsku, aby doradzać związkowcom. W Warszawie natomiast część doradców (przede wszystkim T. Mazowiecki, J. Olszewski, W.