Stała się też bastionem islamistów, którzy trzymali „porządek” w mieście i prześladowali innowierców, przeprowadzając publiczne egzekucje.
Miasto było systematycznie bombardowane przez syryjskie lotnictwo, także za pomocą bomb próżniowych, czy ziemia-powietrze, w wyniku czego cierpieli cywile.
W styczniu 2014 podczas walk między skłóconymi frakcjami rebeliantów, dżihadyści z Państwa Islamskiego, wyparli z miasta bojowników Dżabhat an-Nusra oraz Ahrar asz-Szam. 29 czerwca 2014 Państwo Islamskie ogłosiło powstanie kalifatu na ziemiach Syrii i Iraku, a Ar-Rakka, stała się głównym miastem kontrolowanym przez dżihadystów w Syrii.
23 lipca 2014 w kontrolowanej przez Państwo Islamskie Ar-Rakce, batalion islamski o sile 640 bojowników, przypuściło szturm na bazę 17. Dywizji Syryjskich Sił Zbrojnych. Był to ostatni przyczółek armii syryjskiej na terenie islamistycznego „kalifatu”, leżący na północ od miasta. Atak na bazę nastąpił z trzech stron, a bramy zostały sforsowane przez dwóch zamachowców-samobójców. Eksplozje spowodowały śmierć 19 żołnierzy. Baza padła 26 lipca 2014. Wówczas około 300 żołnierzy uciekło w kierunku Bazy nr 91 oraz okolicznych wsi. Pokonani wojskowi udali się również do Bazy Tabka, znajdująca się 55 km na zachód od Ar-Rakki, nad zbiornikiem retencyjnym Al-Asad. 50 żołnierzy zostało pojmanych przez dżihadystów.