W międzyczasie (27 kwietnia) próbował jeszcze zdobyć w Montevideo w nocnym ataku fregatę „Imperatriz” (52 działa), ale bez powodzenia. Eskadra brazylijska, pod zmienionym dowództwem, starła się z siłami Browna 25 maja i 10 czerwca, w obydwu przypadkach bez większego efektu. Lepiej powiodło się Brazylijczykom 29 i 30 maja: ich silniejsza eskadra w dwudniowej walce zdołała wystarczająco uszkodzić flagową fregatę Browna, by zatonęła ona następnego dnia. W końcu października Brown wyruszył na trzymiesięczny rejs korsarski z dwoma okrętami i do Bożego Narodzenia udało mu się przechwycić kilka jednostek wroga.
W latach 1842–1843 brał udział w działaniach wojny domowej w Urugwaju, kiedy to Argentyna wsparła frakcję „białych”, popierającą prezydenta Manuela Oribe. 15 sierpnia 1842 r. w trzech potyczkach pod Montevideo rozbił flotyllę rzeczną dowodzoną przez przyszłego bohatera Włoch, Giuseppe Garibaldiego, którego wziął do niewoli, a następnie ocalił przed egzekucją (w dowód wdzięczności, w późniejszych latach Garibaldi nazwał jednego ze swych wnuków William, właśnie na cześć Browna).