W 1842 władze rosyjskie zlikwidowały akademię, a zbiory przyrodnicze Gorskiego przekazały do Kijowa. Z całej kolekcji Batys Gorskiemu pozwolono zachować tylko prywatną część kolekcji owadów oraz zielniki, równocześnie zmuszono go do przejścia na emeryturę.
Zamieszkał wówczas w prywatnym muzeum przyrodniczym Konstantego hr. Tyzenhauza w Postawach. Hrabia przez ponad dziesięć lat finansował badania Gorskiego i jego wyjazdy za granicę m.in. w Berlinie drukowane i ilustrowane były monografie florystyczne i entomologiczne Gorskiego. W 1853 zmarł hr. Tyzenhauz, Batys Gorski zamieszkał wówczas u ziemianina Adolfa Kubickiego w Polesiu k. Święcian. Ostatnie 11 lat życia poświęcił opracowywaniu kolekcji chrząszczy, tworząc obszerną monografię, jego prace przerwało powstanie styczniowe. W dniu 3 maja 1864 roku Stanisław Batys Gorski popełnił samobójstwo.
Publikacje Opublikował około 20 prac, w tym pięć poświęconych botanice. Między innymi: