W roku 1939 rodzina Wegnerów wraz z Ireną została wysiedlona przez Niemców z Poznania i przeniosła się do Warszawy. W roku 1941 zmarł Rudolf Wegner, a Irena Rybotycka została wraz z matką współwłaścicielką Wydawnictwa Polskiego. Była członkiem Armii Krajowej i wspierała organizację finansowo z części dochodów wydawnictwa. W tym czasie udzieliła zgody na wykorzystanie sygnetu Wydawnictwa Polskiego jako znaku Polski Walczącej, tzw. „Kotwicy”. Uczestniczyła aktywnie w powstaniu warszawskim. Po jego upadku dostała się do niewoli niemieckiej. Po uwolnieniu przebywała jeszcze przez ok. rok w Polsce, po czym w listopadzie 1945 wyjechała do Norymbergi, do męża służącego jako oficer łącznikowy Polskiej Misji Wojskowej w amerykańskiej strefie okupacyjnej Niemiec.

W Norymberdze małżeństwo Rybotyckich zaczęło starania o wznowienie działalności Wydawnictwa Polskiego R. Wegnera. Irena Rybotycka, działająca w PCK, zdobyła z UNRRY przydział papieru. Rybotyccy uzyskali zezwolenie na druk książek o tematyce religijnej i edukacyjnej;