Do startu w fazie grupowej uprawnionych było 48 drużyn (w tym 31 zwycięzców rundy play-off Ligi Europy, 9 przegranych rundy play-off Ligi Mistrzów, 7 zwycięzców krajowych pucharów i 1 drużyna wylosowana spośród przegranych rundy play-off Ligi Europy).
Losowanie Losowanie odbyło się 30 sierpnia 2013 roku. Wszystkie zespoły zostały podzielone na 4 koszyki. Następnie zostały rozlosowane zespoły i podzielone na 12 grup po 4 drużyny w każdej. Do jednej grupy nie mogły trafić drużyny z tego samego koszyka i federacji.
drużyny, które awansowały z rundy play-off Ligi Europy drużyny, które awansowały z rundy play-off Ligi Mistrzów drużyna wylosowana spośród przegranych rundy play-off Ligi Europy
Koszyk 1 Drużyna Valencia CF 102.605 Olympique Lyon 95.800 Tottenham Hotspur69.592 Dynamo Kijów 68.951 PSV Eindhoven 64.945 Girondins Bordeaux 59.800 Rubin Kazań 58.266 Sevilla FC 55.105 Standard Liège 45.880 Fiorentina 42.829 Lazio 41.829 AZ Alkmaar 39.445
Koszyk 2 Drużyna APOEL Nikozja 35.366 PAOK FC 28.800 Red Bull Salzburg 28.075 KRC Genk 26.880 Dinamo Zagrzeb 25.916 Dnipro 23.951 Trabzonspor 21.400 Anży Machaczkała 20.266 Real Betis 17.605 Wigan Athletic 16.592 Swansea City 16.592 SC Freiburg 15.922