Na czele tego oddziału walczył w kampanii wrześniowej. Zadaniem pułku była obrona Poznania. 2 września pułk otrzymał jednak rozkaz opuszczenia miasta i wycofywał się na wschód z Armią Poznań, biorąc następnie udział w bitwie nad Bzurą. 16 września pułk został rozbity podczas ataku niemieckiej dywizji pancernej. Rybotycki dostał się do niewoli i został osadzony w Oflagu VII A Murnau, gdzie przebywał do końca wojny.

W kwietniu 1945 roku, po oswobodzeniu z niewoli, został oficerem łącznikowym Polskiej Misji Wojskowej w amerykańskiej strefie okupacyjnej Niemiec i stacjonował we Frankfurcie. Pod koniec 1945 roku dołączyła tam do niego żona i oboje zaczęli starania o wznowienie działalności Wydawnictwa Polskiego R. Wegnera (R. Wegner zmarł w roku 1941). Rybotycki został kierownikiem utworzonej przy PMW placówki Welfare and Printing Team. Rybotyccy uzyskali zezwolenie na druk książek o tematyce religijnej i edukacyjnej;