Dzisiaj barokowy główny ołtarz znajduje się w prezbiterium hali głównej kościoła. Nastawa ołtarzowa pochodzi z 1644 roku i została ufundowana przez skarbnika i późniejszego burmistrza Christopha Royera. Obraz w predelli ukazuje Ostatnią Wieczerzę z Jezusem Chrystusem. Główny obraz w środkowej części przedstawia Marię z dzieciątkiem Jezus i Trzech Króli. Górny obraz pokazuje biblijną scenę w ogrodzie Getsemane. Na retabulum stoi grupa rzeźbionych postaci z ukrzyżowanym Jezusem, Marią i apostołem Janem. Po bokach obrazów umieszczono figury ukazujące czterech ewangelistów Mateusza (w zielonej szacie), Marka (w złoto-żółtej szacie), Łukasza (w czerwonym stroju) i Jana (w niebieskim stroju). W tylnej ścianie nastawy ołtarza odnotowani są wszyscy pastorzy kościoła Sankt-Stephani-Kirche od czasu Reformacji (w Helmstedt od 1568).
Podstawą ołtarza w przedniej części jest kamienny blok z około 1900 roku, gdy kościół był objęty renowacją.