Misja Celem twórców jest pokazanie życia i działalności Jana Pawła II i prymasa Stefana Wyszyńskiego. Przede wszystkim zaś pokazanie wartości którymi się kierowali – na tle historii Polski XX wieku – i przekazanie tych wartości, ich słowami, do współczesnego odbiorcy. Będzie więc to muzeum słowa. Papież i prymas mają zabrać widzów w historyczną podróż. Zaczyna się ona w 1901 r. – roku urodzin Stefana Wyszyńskiego – a kończy w 2005 roku, w którym zmarł Jan Paweł II. Daty te tworzą czasowe ramy dla opowieści o historii Polski, a także Europy. Muzeum będzie przypomniało Ich słowa, którymi komentowali tamten czas.
Projekt i finansowanie Muzeum działa na podstawie zarządzenia Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego z dnia 15 kwietnia 2016 r. w sprawie utworzenia Muzeum Jana Pawła II i Prymasa Wyszyńskiego.