Bezsprzecznie, najbardziej wrażliwym ogniwem naturalnych ekosystemów są duże ssaki. W rezerwacie są to żubrobizon, jeleń szlachetny, niedźwiedź brunatny, koziorożec kaukaski, kozica, ryś, sarna i dzik. Jednak cały szereg mniejszych gatunków zwierząt także potrzebuje ścisłej ochrony i szczegółowych badań, w tym borsuk, norka kaukaska, wydra itd.
Wśród ptaków przeważają przedstawiciele rzędu wróblowych i sokołowych. Najliczniejszymi grupami herpetofauny są jaszczurki i węże, ryb – karpiokształtne.
Nad rezerwatem prowadzą znaczące szlaki migracyjne ptaków, najbardziej widowiskowy jest przelot myszołowów, zbierających się w duże rójki.
Liczne zwierzęta rezerwatu mają ograniczony zasięg występowania (endemity), albo są żywymi świadectwami przeszłych epok geologicznych (relikty). Szczególnie dużo z nich jest bezkręgowców, a także ryb, płazów i gadów.
W chronionych uroczyskach znalazły ostatnią przystań ginące gatunki naszej planety. Z bezkręgowców rezerwatu do Czerwonej Księgi Międzynarodowej Unii Ochrony Przyrody wpisano 8 gatunków, do Czerwonej Księgi Federacji Rosyjskiej – 25 gatunków. A razem z bezkręgowcami do państwowych i regionalnych czerwonych ksiąg wpisano 71 gatunków.