W 1693 roku Bouvet powrócił do Europy jako poseł cesarza chińskiego z zadaniem ściągnięcia na Wschód uczonych francuskich. Władca chiński planował bowiem utworzenie własnej "Akademii Nauk". Poza tym Bouvet otrzymał 49 chińskich zwojów, które miał przekazać królowi.Po czterech latach podróży Bouvet ponownie dotarł do Francji. Spotkał się tutaj z królem, który ofiarował mu znaczną sumę pieniędzy na misję. Nawiązał również kontakt z kilkoma uczonymi europejskimi, na przykład z Leibnizem, z którym od tego czasu zaczął korespondować. Zebrał również wykształconych jezuitów i 6 marca 1698 roku wyruszył z La Rochelle w kolejna podróż do Chin. Tym razem jego towarzyszami byli Charles Dolze, Louis Pernon, Jean-Charles-Étienne de Brois-sia, Joseph-Henri de Prémare, Jean-Baptiste Régis, Dominique Parrenin, Philibert Geneix, Charles de Belleville oraz malarz Giovanni Gherardini, który nie był zakonnikiem.