We wschodniej części audiencji istniało w latach 1638–1773, posiadające sporą autonomię państwo Maynas, administrowane przez jezuickich misjonarzy. Następnie w 1739 tereny te włączono do Wicekrólestwa Nowa Granada.
Ruchy niepodległościowe, Wielka Kolumbia thumb|upright|Gen. Antonio José de Sucre W XVII i XVIII wieku niewolniczy przymus pracy na roli i w kopalniach powodował liczne powstania Indian. Od drugiej połowy XVIII wieku pojawiły się dążenia niepodległościowe wśród Kreoli, i w związku z tym próby uniezależnienia Quito od władzy hiszpańskiej.
W początkach XIX wieku rozpoczęła się walka miejscowej ludności z kolonizatorami hiszpańskimi. W 1809 roku wybuchło powstanie, utworzono juntę rządzącą i proklamowano niepodległość, której nie udało się jednak utrzymać na skutek stłumienia rewolty. Kolejne powstanie z 1812 również zostało stłumione. Od 1819 wybuchają dalsze walki pod dowództwem gen. Antonio José de Sucre. Dzięki decydującemu zwycięstwu generała de Sucre pod Pichincha (24 maja 1822) umożliwia wojskom Simona Bolivara wyzwolenie miasta Quito (16 czerwca 1822). Działania wojskowe zostają zakończone w 1822 r. ostatecznym zwycięstwem.