XIX-wieczną historię Ekwadoru zdominowała rywalizacja dwóch regionów gospodarczo-polityczno-kulturalnych: Sierry z ośrodkiem w Quito i Costy z ośrodkiem w Guayaquil. Nowo odkryte tereny Amazonii, nieznane i niezagospodarowane, pozostawały poza kontrolą państwa i stanowiły obszar sporny między Ekwadorem, Peru i Kolumbią. Rządy konserwatystów z Sierry – reprezentujących wielkich właścicieli ziemskich i armię, eksponujących rolę Kościoła katolickiego (należeli do nich prezydenci Juan Jose Flores i G. García Moreno) – przeplatały się z rządami liberałów z Costy – przedstawicieli burżuazji handlowo-przemysłowej. Walkom o władzę towarzyszyły konflikty zbrojne z Peru i Kolumbią. Od 1852 roku rządy objęli liberałowie, nastąpiło zniesienie niewolnictwa i wygnanie jezuitów, wprowadzono bezpłatne szkolnictwo. W 1861 do władzy doszli konserwatyści, w 1869 roku ustanowili konstytucję przyznającą prawa polityczne wyłącznie katolikom. Zaostrzająca się rywalizacja między konserwatystami a liberałami doprowadziła do wojny domowej, trwającej w latach 1895–1896. Po zwycięstwie liberałów, przejęli oni władzę w Ekwadorze i sprawowali ją prawie nieprzerwanie do 1944. Dominującą wtedy rolę w gospodarce i polityce zaczęła odgrywać Costa, zwłaszcza prowincja Guayaquil.