W praktyce oznacza to, że fonemy w rozumieniu fonologii generatywnej często odpowiadają morfofonemom w rozumieniu szkoły praskiej.

W językoznawstwie kognitywnym niektórzy badacze postulują wyróżnianie dystynktywnych klas dla dźwięków zbliżonych do tradycyjnego pojęcia fonemu, podczas gdy inni twierdzą, że głoski podporządkowane są ich znaczeniu w całych słowach. Związane jest to z zacieraniem różnic między współczesną fonologią a fonetyką w takich modelach, jak , zatem skoro dźwięki mowy tworzą akustyczne kontinuum, zgodnie z tym podejściem również ich fonologiczne reprezentacje powinna charakteryzować ciągłość. Modele zachowujące wyróżnianie fonemów zakładają, że użytkownicy języka przechowują w umyśle fonemy jako abstrakcyjne, schematyczne reprezentacje wszystkich ich allofonów, przy czym w mowie są one modyfikowane przez kontekst fonetyczny. Taki wyabstrahowany od rzeczywistych głosek fonem jest prototypem, a poszczególne rzeczywiste allofony są do niego porównywane. W zakładane jest, że fonem odpowiada najczęstszym zachowywanym w umyśle przykładom dźwięków.