Pipes, Rewolucja rosyjska, MAGNUM, Warszawa 2006, s.546..

W 1918 wszedł do Rady Rewolucyjno-Wojskowej Frontu Południowego, następnie był przewodniczącym analogicznego organu Frontu Kaspijsko-Kaukaskiego i członkiem Rady Rewolucyjno-Wojskowej 16 Armii Frontu Zachodniego.

Wystąpił przeciwko koncepcji militaryzacji pracy wysuwanej przez Lwa Trockiego, brał udział w dyskusji o roli związków zawodowych w państwie rządzonym przez bolszewików. Razem z Aleksandrą Kołłontaj przewodził Opozycji Robotniczej, domagając się oddania kontroli nad gospodarką państwa w ręce związków zawodowych, a nie partii. Jego poglądy zostały poddane ostrej krytyce przez Lenina na X zjeździe partii. W 1923 Szlapnikow ponownie wystąpił z publiczną krytyką polityki partii w kwestiach gospodarczych, jak również nierespektowania zasad demokracji robotniczej oraz demokracji wewnątrzorganizacyjnej. W rezultacie został usunięty z piastowanych stanowisk i skierowany do Francji jako dyplomata. W latach 1924–25 był radcą poselstwa ZSRR, w roku 1925 chargé d’affaires w miejsce Chrystiana RakowskiegoШляпников Александр Гаврилович.