Po przeszkoleniu ze specjalnością w dywersji został zaprzysiężony 16 stycznia 1943 roku i przeniesiony do Oddziału VI Sztabu Naczelnego Wodza.
Został zrzucony w Polsce w nocy z 20 na 21 lutego 1943 roku w ramach operacji lotniczej o kryptonimie Rivet i został odebrany przez placówkę „Okoń”, znajdującą się 11 km od Koniecpola. Dostał przydział do Kedywu Okręgu Białystok AK jako instruktor dywersji.
Zmarł na skutek komplikacji pogrypowych w Brześciu nad Bugiem i został tam pochowany. 180px|thumb|left|Tablica w kościele św. Jacka w Warszawie, upamiętniająca poległych cichociemnych, w tym Mariana Garczyńskiego Ordery i odznaczenia Krzyż Srebrny Orderu Wojennego Virtuti Militari – pośmiertnie Krzyż Walecznych
Upamiętnienie W lewej nawie kościoła św. Jacka przy ul. Freta w Warszawie odsłonięto w 1980 roku tablicę Pamięci żołnierzy Armii Krajowej, cichociemnych – spadochroniarzy z Anglii i Włoch, poległych za niepodległość Polski. Wśród wymienionych 110 poległych cichociemnych jest Marian Garczyński.
W Wojciechowie Lubelskim Mariana Garczyńskiego za swojego patrona przyjęła 1.