Albańczycy zostawali sunnitami, ale w XVIII i w XIX wieku, na terenach na których mieszkali, zaczął rozprzestrzeniać się ruch suficki, zwany Bektaszijja. Początki ruchu są związane z turecką Azją Mniejszą, ale wraz z ruchami ludności, ruch ten zaczął zyskiwać sobie wyznawców w innych częściach imperium tureckiego. Członkowie tej grupy byli uważani przez większość muzułmanów za heretyków, w związku z czym władze rozpoczynały czasami prześladowania. Ruch Bektaszijja rozwijał się głównie w południowej Albanii.
Do najważniejszych albańskich muzułmanów żyjących w czasach panowania Osmanów zalicza się: Davuda Paszę, Hamzę Kastrioti, Iljaza Mirahori, Nezima Frakulla, Mehmeda Köprülü, Ali Paszę, Edhema Paszę, Ali Paszę z Gusinje, Ibrahima Paszę, Ahmeda Köprülü, Muhammada Alego Paszę i Kara Mahmuda Bushati.