Tankred utrzymał władzę w Królestwie Sycylii do swej śmierci w lutym 1194 roku; w kilka miesięcy po jego śmierci Henryk VI Hohenstauf przeprowadził udaną inwazję na Królestwo i 20 listopada 1194 roku wkroczył do Palermo, gdzie w dzień Świąt Bożego Narodzenia 1194 roku koronowano go na króla Sycylii.
XIII-XVII wiek Hohenstaufowie władali królestwem w latach 1194–1266. W 1266 roku koronę sycylijską otrzymał Karol I Andegaweński, po zwycięstwie w bitwie pod Benewentem, w toku której zginął syn cesarza i króla Sycylii Fryderyka II, dotychczasowy król Sycylii Manfred. Wkrótce, w 1282 roku, wybuchło w Palermo powstanie przeciwko Karolowi i Francuzom (tzw. nieszpory sycylijskie). Wyspa Sycylia przeszła w ręce Aragonii, natomiast Karol Andegaweński utrzymał się w kontynentalnej części królestwa (od tej pory nieformalnie określanego jako Królestwo Neapolu – choć formalnie nadal państwo to nosiło nazwę Królestwa Sycylii).
Po śmierci króla Jana II Aragońskiego Sycylia, wraz z wszystkimi posiadłościami aragońskimi, weszła w skład zjednoczonej Hiszpanii, i pozostała we władaniu hiszpańskim do 1707 roku.