Struktura batalionu i numeracja strażnic 1.01.1964: 1 strażnica WOP lądowa II kategorii Kostrzyn 2 strażnica WOP lądowa III kategorii Górzyca 3 strażnica WOP lądowa III kategorii Pławidła 4 strażnica WOP lądowa II kategorii Słubice 5 strażnica WOP lądowa III kategorii Rybocice 6 strażnica WOP lądowa III kategorii Urad 7 strażnica WOP lądowa IV kategorii Odra 8 strażnica WOP lądowa II kategorii Rąpice.
W marcu 1968 batalion rzecznemu Słubice podlegały: Strażnica WOP rzeczna nr 1 Kostrzyn Pluton kontroli ruchu granicznego Kostrzyn Strażnica WOP rzeczna nr 2 Górzyca Strażnica WOP rzeczna nr 3 Pławidło Strażnica WOP rzeczna nr 4 Słubice Strażnica WOP rzeczna nr 5 Rybocice Strażnica WOP rzeczna nr 6 Urad Strażnica WOP rzeczna nr 7 Odra Strażnica WOP rzeczna nr 8 Rąpice.
Struktura w latach 80.: Dowództwo, sztab i pododdziały batalionowe – Słubice Strażnica WOP Rąpice Strażnica WOP Rybocice Strażnica WOP Słubice Strażnica WOP Górzyca strażnica WOP Kostrzyn Strażnica WOP Namyślin.
Dowódcy batalionu por. Bolesław Niecka (od 1951) kpt. Leon Rokicki (1952–1955) kpt. Ziemnicki Jan (1955–1956) mjr Marian Tarasiuk p.o.