Przez całą okupację przebywał w Krakowie i pracował jako nauczyciel. Wiosną 1947 roku wstąpił do Polskiej Partii Robotniczej. Po zmianie ustroju nie przestał być wrogiem państwa. Aresztowano go 11 czerwca 1949 roku i osadzono najpierw w areszcie Wojewódzkiego Urzędu Bezpieczeństwa w Krakowie, a potem w oddziale X więzienia mokotowskiego w Warszawie. Dnia 26 maja 1950 roku został zwolniony z aresztu śledczego bez rozprawy sądowej i bez zawiadomienia o umorzeniu śledztwa. Dopiero w odpowiedzi na jego pismo skierowane po październiku 1956 roku do Komisji Rehabilitacyjnej przy KW PZPR w Krakowie, Naczelna Prokuratura Wojskowa zawiadomiła go, że śledztwo o czynione mu zarzuty „zostało umorzone z braku dowodu winy” oraz że „umorzenie śledztwa z powodu braku dowodów winy oznacza pełną rehabilitację”.
Represje polityczne ponownie nasiliły się po dojściu do władzy Władysława Gomułki, Kazimierz Badowski nawiązał wówczas kontakt z opozycją komunistyczną. Za działalność wywrotową został aresztowany 25 marca 1965 w Krakowie i sądzony w procesie trwającym od 24 grudnia 1965 do 10 stycznia 1966. Podczas zeznań Badowski powiedział, że o sytuacji politycznej Polski świadczy jego proces, gdzie w kraju socjalistycznym jest się sądzonym za lewicowe poglądy.