Okres II wojny światowej Mieczysław Bogucki przeżył w Warszawie, pracując w latach 1939–1944 formalnie jako szklarz i urzędnik szpitalnictwa. Uczestniczył też w tajnym nauczaniu, prowadząc wykłady z fizjologii dla studentów medycyny.
W 1945 r. powrócił do Gdyni, aby wznowić działalność Stacji Morskiej i od tegoż roku pełnił funkcję kierownika Morskiego Laboratorium Rybackiego (pod tą nazwą wznowiła działalność Stacja) oraz kierownika jego Zakładu Ichtiologii. W 1947 r. wykładał też biologię ogólną na Akademii Medycznej w Gdańsku. W 1949 r. Morskie Laboratorium Rybackie utraciło samodzielność i zostało włączone do Morskiego Instytutu Rybackiego, w którym prof. Bogucki nadal kierował Działem Ichtiologii. W 1951 r. w wyniku ówczesnych represji politycznych został zwolniony z Morskiego Instytutu Rybackiego i przeniesiony na emeryturę. Wówczas ponownie znalazł zatrudnienie w Instytucie im. M. Nenckiego, który w owym czasie reaktywował swą działalność w Łodzi. Pracując w Instytucie jako samodzielny pracownik naukowy, Bogucki uzyskał tytuł profesora i w 1954 r. objął stanowisko profesora nadzwyczajnego, a następnie profesora zwyczajnego w 1959 r. W latach 1963–1965 przewodniczył Radzie Naukowej Instytutu.
Zmarł 8 lutego 1965 r. w Warszawie.