Po wybuchu II wojny światowej we wrześniu 1939 uczestniczył w polskiej wojnie obronnej jako proboszcz 24 Dywizji Piechoty w składzie Armii „Karpaty”. Wraz z jednostką przeszedł szlak bojowy przez Tarnów, Pilzno, Strzyżów, Sądową Wisznię, Birczę, Przemyśl, Janów oraz walki pod Wereszczycą. W dniu agresji ZSRR na Polskę 17 września 1939 odprawił dla żołnierzy poranną mszę świętą polową i tego samego dnia w drodze z Tarnopola do Buczacza, w okolicach Trembowli dostał się do niewoli sowieckiej. W pierwszą noc niewoli mając możliwość ucieczki w Kopyczyńcach, zrezygnował z niej pozostając z wziętymi do niewoli polskimi jeńcami. Trafił do punktu zbornego w Jarmolińcach, następnie do obozu przejściowego w Putywl, po czym od 4 listopada 1939 był przetrzymywany w obozie w Kozielsku, gdzie nadal pełnił posługę duszpasterską wśród osadzonych żołnierzy, odtąd w formie niejawnej z uwagi na odgórny zakaz prowadzenia kultu religijnego wydany przez administrację obozową. W tym czasie został ukarany kilkutygodniowym pobytem w karcerze (ciężki areszt) za uczestnictwo w nabożeństwie.