wydana przez Fundację "Golgota Wschodu"), Katyńczyk AM 487: wspomnienia o księdzu kapelanie J.L. Ziółkowskim (2006), Ksiądz Ziółkowski – droga do Katynia (2010) – dwie ostatnie napisała bratanica księdza, Barbara Ziółkowska-Tarkowska.
Minister Obrony Narodowej decyzją Nr 439/MON z 5 października 2007 awansował go pośmiertnie do stopnia podpułkownikaDecyzja Nr 439/MON Ministra Obrony Narodowej z 5 października 2007 w sprawie mianowania oficerów Wojska Polskiego zamordowanych w Katyniu, Charkowie i Twerze na kolejne stopnie oficerskie. Decyzja nie została ogłoszona w dzienniku Urzędowym MON.. Awans został ogłoszony 9 listopada 2007 w Warszawie, w trakcie uroczystości „Katyń Pamiętamy – Uczcijmy Pamięć Bohaterów”.
29 lipca 2007 w kościele Redemptor Hominis parafii św. Bartłomieja Apostoła w Łapanowie została odsłonięta Gablota Pamięci ks. Jana Leona Ziółkowskiego. Przy tej świątyni 19 maja 2009 został odsłonięty obelisk wraz z tablicą pamiątkową upamiętniający ks. Ziółkowskiego;