Razem ze swoim bratem, Mortonem w czerwcu i lipcu 1909 roku wykonali dokładne pomiary tej budowli oraz napisali dotyczące jej liczne opracowania, w tym trzytomową książkę „Przejścia Wielkiej Piramidy”Tom pierwszy opisywał duchowe zarysy Wielkiej Piramidy, tom drugi dotyczył aspektów naukowych, a tom trzeci skupiał się na matematyce Wielkiej Piramidy. Każdy z tomów stanowił zamkniętą całość.. John Edgar napisał również kilka broszur o tematyce biblijnej: „Gdzie są umarli” (nakład 40 tys.), „Drzewo nad strumieniem wód wsadzone”, „Zachowanie tożsamości w zmartwychwstaniu”, „Historia życia Abrahama”, „Socjalizm i Biblia”.

Jego badania Wielkiej Piramidy miały wpływ na Badaczy Pisma Świętego, którzy w tym okresie na podstawie książki „Przyjdź Królestwo Twoje” C.T. Russela z 1891 roku wiązali tę budowlę ze słupem, wspomnianym w Księdze Izajasza 19:19,20. Twierdzono wówczas, że długość niektórych korytarzy w Wielkiej Piramidzie wskazuje na czas rozpoczęcia „wielkiego ucisku”, o którym jest mowa w Ewangelii według Mateusza 24:21. Sama zaś Wielka Piramida była uważana za „Biblię w Kamieniu”.