Władza zarówno superintendencjalna, jak i krajowa była sprawowana przez superintendenta. W latach 1920–1924 urząd ten pełnił ks. Hermann Fritsche rezydujący w Białej, jego następcą został ks. Theodor Zöckler z siedzibą w Stanisławowie, sprawujący obowiązki do wybuchu II wojny światowej.
Sprawy bieżące zboru, kwestie związane z edukacją oraz działalnością charytatywną były administrowane przez jego przedstawicieli. Sprawy związane z małżeństwem były regulowane przez ustawy cywilne. Każdy ze zborów musiał należeć do senioratu – grupy zborów zrzeszonej pod zwierzchnictwem seniora. Seniorem mógł być każdy z pracujących w kościele księży, jego kadencja trwała sześć lat.
Po oderwaniu się od konsystorza wiedeńskiego, powołano wydział kościelny, który zajmował się najważniejszymi decyzjami w kościele. Składał się z czterech seniorów oraz pięciu innych członków.
Przygotowany został projekt kościelnej ustawy zasadniczej. Superintendentura utworzyła równocześnie projekt ustawy regulujący ustrój wewnętrzny kościoła, wzorujący się na ustawie austriackiej, jednak przekształcający zbór superintendencjalny w zbór ogólny. Ustawa nie została przyjęta przed 1939 rokiem.
Podział administracyjny Kościół początkowo podzielony był między trzy, a następnie cztery senioraty.