W 1273 siedziba arcybiskupa została przeniesiona z Uppsali do Östra Aros, będącego od dawna ośrodkiem osadnictwa i handlu. Powodem przeniesienia było uszkodzenie dotychczasowej katedry w wyniku pożaru, jaki dotknął ją w I połowie XIII wieku. Odbudowa okazała się niewskazana, ponieważ świątynię uważano za przestarzałą i położoną na prowincji. Około 1270 roku w Östra Aros rozpoczęto budowę nowej katedry. Na Östra Aros przeniesiono też nazwę UppsalaDotychczasową Uppsalę, dla odróżnienia, zaczęto nazywać Starą Uppsalą (Gamla Uppsala), a jej katedra, zachowana po przebudowie do dziś, została zdegradowana do rangi zwykłego kościoła parafialnego.. Konsekracja katedry miała miejsce w 1435 roku.
W 1477 roku arcybiskup Jakob Ulvsson przy współdziałaniu regenta Stena Sture Starszego założył Uniwersytet w Uppsali.
Ostatnim katolickim arcybiskupem Uppsali był Johannes Magnus, usunięty z urzędu przez Gustawa Erikssona i zmuszony w sierpniu 1526 roku do opuszczenia Szwecji; w 1534 roku został w Watykanie wyświęcony na arcybiskupa Uppsali, ale w związku z zapanowaniem reformacji w Szwecji nie był w stanie objąć swego urzędu. Po śmierci Johannesa Magnusa arcybiskupem Uppsali został wybrany jego młodszy brat Olaus Magnus;