Po upływie terminu amnestii w 1947 w podziemiu pozostało nie więcej niż 2 000 osób. Szacunki Urzędu Bezpieczeństwa Publicznego wskazywały na znacznie mniejszą liczbę: około 250 partyzantów działających w 52 zbrojnych grupkachAndrzej Leon Sowa: Historia polityczna Polski 1944-1991, Wydawnictwo Literackie, 2011, s. 78.Rzeczpospolita: Ostatni niezłomni.. Już od kwietnia 1947 z rozkazu Stanisława Radkiewicza wykonywano wyroki śmierci na osobach, które były objęte amnestiąWojciech Roszkowski: op. cit., s. 178..
Skutki W wyniku amnestii z 1947 praktycznie przestało istnieć zorganizowane podziemie zbrojne w kraju. Dzięki informacjom uzyskanym przez UB od ujawniających się ludzi przyspieszyła akcja wykrywania i niszczenia pozostałych grup partyzantów. Funkcjonariusze służb bezpieczeństwa wcale nie myśleli stosować się do uchwalonych przez siebie praw. Gdy tylko zaprzestano wykonywać amnestię, natychmiast przystąpiono do analizy zebranego materiału, a następnie do aresztowań osób ujawnionych, pod zarzutem dalszego prowadzenia działalności antypaństwowej. Ludzie ujawnieni w 1947 w latach 1948-50 byli często ponownie aresztowani i skazywani za czyny objęte ową amnestią. Zapadały często wysokie wyroki, zgodnie z artykułem 6. amnestii pozostawiono jednak taką możliwość wobec działalności uprzednio zagrożonej karą śmierci lub dożywocia.