Wpływ na bioróżnorodność Zwalczanie szkodników z użyciem insektycydów o szerokim działaniu prowadzi do niszczenia zarówno samych szkodników, jak i stawonogów będących ich naturalnymi wrogami. Dane z lat 1990 2010 zebrane z sześciu prowincji Chin pokazują wyraźny wzrost liczebności drapieżnych stawonogów. Pochodzące z pól bawełny Bt drapieżniki są korzystne dla znajdujących się w pobliżu upraw kukurydzy, orzeszków ziemnych i soi. W Indiach badano także zależności pośrednie. Pożyteczne stawonogi drapieżne i pasożytnicze mogłyby ulegać zatruciu za pośrednictwem mszyc żywiących się transgeniczną bawełną. Nie stwierdzono obecności białka Bt w mszycach. Wyniki wskazują, że bawełna Bt nie stwarza zagrożenia dla zwierząt żywiących się mszycami lub spadzią. Badania przeprowadzone w kilku krajach nie wykazały różnic w liczebności zwierząt niebędących szkodnikami pomiędzy polami bawełny Bt i polami z bawełną niemodyfikowaną.