Przez kolejne dwa lata przebywał w Łomży, gdzie równocześnie był sekretarzem stowarzyszenia i prefektem gimnazjalnym. Od 1923 przez rok pełnił funkcję rektora w kościele w Tykocinie, a następnie otrzymał probostwo w Jedwabnem i mieszkał tam sześć lat. Od marca 1930 do stycznia 1931 obejmował probostwo w Szczuczynie, aby później zostać przeniesionym do Grajewa. Przez osiem lat był proboszczem w tamtejszej Parafii Trójcy Przenajświętszej, w kwietniu 1931 został również dziekanem dekanatu szczuczyńskiego.
Polowa Kuria Biskupia 15 marca 1938 mianowała Andrzeja Gawędzkiego na kapelana pomocniczego garnizonu w Grajewie, w którym stacjonował 9 pułk strzelców konnych. 24 sierpnia 1939 roku został zmobilizowany i wyznaczony na stanowisko kapelana 9 pułku strzelców konnych. W szeregach tego pułku odbył kampanię wrześniową. Wziął udział w bitwie pod Kockiem. 6 października dostał się do niemieckiej niewoli. Początkowo przebywał w Oflagu VIIA w Murnau, od grudnia 1939 w Rottenbergu, w kwietniu 1940 został przeniesiony do Buchenwaldu, a od lipca 1942 w Dachau, gdzie pracował niewolniczo w pozycji klęczącej i był ofiarą eksperymentów medycznych.