Ordynariusz eparchii mińskiej, biskup Melchizedek, został wówczas wybrany przez miejscowe duchowieństwo na metropolitę białoruskiego i mińskiego i przyjął tę godność mimo próśb patriarchy Tichona o odmowę przyjęcia jednostronnie nadanego tytułu. W ceremonii ogłoszenia autonomii brał udział również biskup Filaret. Po tym, gdy władze radzieckie zmusiły metropolitę Melchizedeka do opuszczenia Mińska, biskup Filaret stał się faktycznym zarządcą eparchii mińskiej. W sierpniu 1927 przewodniczył zjazdowi duchowieństwa eparchii mińskiej, który ogłosił autokefalię Białoruskiego Kościoła Prawosławnego. Z biskupów działających na ziemiach białoruskich krok ten popierał jedynie biskup słucki Mikołaj; biskup mohylewski Teodozjusz wystąpił zdecydowanie przeciw jednostronnemu ogłoszeniu cerkiewnej niezależności. Ogłaszając autokefalię, biskup Filaret pragnął najprawdopodobniej odciąć się od deklaracji lojalności Patriarchatu Moskiewskiego wobec władz radzieckich, wydanej 29 lipca 1927 przez zastępcę locum tenens Patriarchatu, metropolitę Sergiusza.