Był synem Franza Kühna i Margherity Luchi. Edukację rozpoczął w jezuickim kolegium w Trydencie po czym przeniósł się do kolegium w Hall in Tirol nieopodal Innsbrucku. W 1663 roku zaczął mieć bardzo poważne problemy zdrowotne, które zagroziły nawet jego życiu. Choroba wywarła duży wpływ na jego światopogląd i osobowość i po tym jak wyzdrowiał, zdecydował się wstąpić do zakonu jezuitów w 1665 rokuNational Park Service. Wznowił wówczas naukę w jezuickich szkołach a po ich ukończeniu rozpoczął studia. W ich trakcie zainteresował się matematyką i geografią. Po zakończeniu studiów nauczał matematyki w kolegium w Ingolstadt. Zainteresował się pracą misyjną i zwrócił się do władz zakonu o pozwolenie na wyjazd. Przełożeni wydali zgodę i choć Kino początkowo chciał ruszyć na Daleki Wschód, to został wysłany do Meksyku. Z uwagi na problemy jakie wówczas miał, nie zdążył na statek którym miał odpłynąć i do Ameryki Łacińskiej trafił z Kadyksu dopiero w maju 1681 roku. Początkowo Kino przebywał w mieście Meksyk, ale w 1683 roku dołączył, jako kartograf, do wyprawy Isidora de Atondo y Antillona, której celem było zbadanie Dolnej Kalifornii.