W tym czasie ukazała się przełomowa książka duńskiego botanika, Eugeniusa Warminga Plantesamfund, zawierająca pierwszy opis koncepcji zbiorowisk roślinnych (fitocenoz), którą John Coulter zainteresował swoich studentów. Henry Cowles zainteresował się nią na tyle, że przeczytał tekst w języku oryginalnym.
An Ecological Study of the Sand Dune Flora of Northern Indiana thumb|240px|Indiana Dunes thumb|240px|Henry Cowles w Santa Catalina Mountains (Arizona, 1913)
Własne prace badawcze wykonywał, w ramach pracy doktorskiej, w warunkach terenowych. Dotyczyły roślinności Indiana Dunes – ruchomych wydm w północnej Indianie, nad jeziorem Michigan. W roku 1898 przedstawił rozprawę doktorską nt. An Ecological Study of the Sand Dune Flora of Northern Indiana (uznawaną za przełomową). W pracy opisał ekologiczną sukcesję zbiorowisk roślinnych jako proces biologiczny powiązany z geomorfologicznym procesem powstawania i przemieszczania się skarp i wydm, zachodzącym z szybkością zależną od wielu zmiennych abiotycznych czynników środowiskowych, m.in. prędkości i kierunku wiatru, wilgotności, składu chemicznego glebyWśród pionierów badań sukcesji w zbiorowiskach roślinnych jest wymieniany również Frederic Clements, autor pracy Nature and structure of the climax (Journal of Ecology 24, 252-284, 1936)..