Po wybuchu powstania warszawskiego brał udział w nieudanej próbie opanowania lotniska „Okęcie”. Do 8 sierpnia walczył na Ochocie. Został wywieziony z Warszawy przez Niemców razem z ludnością cywilną do obozu przejściowego w Pruszkowie.
Po ucieczce z obozu początkowo osiedlił się w Poznaniu, jednak już w połowie 1945 roku przyjechał do Sopotu. Nie mógł znaleźć pracy zgodnej ze swoim wykształceniem. Początkowo był inspektorem ds. UNRRA w Ministerstwie Rolnictwa, od 1950 roku pracował w Centrali Rybnej. Uzyskał tytuł magistra ichtiologii w Wyższej Szkole Rolniczej w Olsztynie. Był pomysłodawcą i budowniczym Rybackiego Ośrodka Doświadczalnego w Oliwie. Opublikował kilka prac z zakresu rybołówstwa. Swoje wojenne doświadczenia opisał w książkach: Udział Polaków w Bitwie o Anglię (1968/1972) i Wróciłem najkrótszą drogą (1990).
Został pochowany na cmentarzu katolickim w Sopocie (kwatera C4-23-18) śp. Jan Jokiel. mały|Grób Jana Jokiela na cmentarzu katolickim w Sopocie Ordery i odznaczenia Krzyż Srebrny Orderu Wojennego Virtuti Militari nr 13344 Medal Lotniczy czterokrotnie