W dolnym biegu Morawa jest rzeką typowo nizinną, z małym spadkiem (0,18%) i małą prędkością wody (0,6 m/s), płynie, meandrując. Na południe od wsi Lanžhot Morawa przyjmuje swój największy dopływ – Dyję. W tym miejscu średni przepływ Morawy wynosi 65 m³/s, jednak w okresach wiosennych spiętrzeń lub powodzi wzrasta on wielokrotnie. W czasie powodzi 1997 r. przepływ Morawy tuż powyżej Hodonína wynosił ponad 900 m³/s, zaś wiosną 2006 r. we wspomnianym wyżej Lanžhocie zanotowano 553 m³/s. Widły Morawy i Dyi porośnięte są w znacznej części lasami łęgowymi, zalewanymi w okresach wielkiej wody nawet do wysokości 3 m (w krytycznym okresie w 1997 r. teren ten zakumulował ok. 150 mln m³ wody).
Od ujścia Dyi Morawa stanowi granicę słowacko-austriacką. Następnie zatacza lekki łuk na zachód, po czym wraca do kierunku południowego. Na tym odcinku Morawa stanowi wschodnią granicę nizinnej krainy zwanej Morawskim Polem (niem. Marchfeld) w północno-wschodniej Dolnej Austrii. Morawa wpada do Dunaju na jego 1880. kilometrze, w Devínie, dzielnicy Bratysławy. Ujście Morawy znajduje się na wysokości 136 m n.p.m.