W grudniu 1941 3 kompania saperów 3 Brygady przeniesiona została do Centrum Wyszkolenia Saperów. W grudniu 1942 został awansowany do stopnia porucznika. Po zgłoszeniu się do służby w kraju, Jerzy Kowalski znalazł się w dyspozycji Oddziału Personalnego Sztabu Naczelnego Wodza. Przeszedł szkolenie w zakresie dywersji i złożył przysięgę na rotę AK w końcu stycznia 1943 w Audley End.
Samolot Handley Page Halifax Dt 727 „K” pilotowany przez Tadeusza Żabickiego dokonał w nocy 16/17 marca 1943 w ramach operacji „Attic” zrzutu trzyosobowego zespołu skoczków por. Jerzego Kowalskiego ps. Baba z 6 zasobnikami i 2 paczkami na zrzutowisko „Żaba” w okolicach miejscowości Jacochów-Stachlew, 12 km od Łowicza. Operacją kierował nawigator Józef Gryglewicz. Pozostałymi skoczkami był cichociemny por. Ezechiel Łoś ps. Ikwa oraz kurier MSW do Delegatury Rządu na Kraj, ppor. Roman Litwin ps. Sowa. Kurier przewoził dwa pasy z pieniędzmi niezbędnymi do funkcjonowania Państwa Podziemnego. Skoczkowie zostali odwiezieni do Warszawy. Broń i materiały w zasobnikach i w paczkach ukryto w tymczasowych schowkach, a po dwóch tygodniach przewieziono do Warszawy.