Wrócił do Polski w 1955. Zamieszkał w Kędzierzynie. Pracował w Zakładach Przemysłu Azotowego „Kędzierzyn” kolejno na stanowiskach asystenta projektanta, projektanta, starszego projektanta. W 1962 ukończył Technikum Mechaniczne dla Pracujących. Jerzy Kowalski przeszedł na emeryturę w 1978. prawo|bezramki|420x420px Zmarł w 1989. Został pochowany na cmentarzu komunalnym dzielnicy Kuźniczka w Kędzierzynie-Koźlu.
Ordery i odznaczenia Krzyż Srebrny Orderu Wojennego Virtuti Militari, Krzyż Walecznych (źródło?) Znak Spadochronowy Armii Krajowej nr 0155 (1943), Bojowy Znak Spadochronowy nr 1969, Medal Wojska – czterokrotnie (1948), Krzyż Armii Krajowej (1977), Medal „Za udział w wojnie obronnej 1939” (1982), Krzyż Partyzancki (1984), Krzyż Czynu Bojowego Polskich Sił Zbrojnych na Zachodzie – pośmiertnie (1992).
Upamiętnienie Nazwisko Jerzego Kowalskiego umieszczono na pomniku Cichociemnych Spadochroniarzy AK znajdującym się przy ul. Jana Matejki w warszawskiej dzielnicy Śródmieście.
Życie rodzinne Żoną Jerzego Kowalskiego była Anna z domu Ryszkiewicz, łączniczka AK ps. Kama (1910–1989). Ślub wzięli w 1945. Została ona również aresztowana przez NKWD.