Po przeszkoleniu ze specjalnością w dywersji został zaprzysiężony 24 sierpnia 1942 roku i przeniesiony do Oddziału VI Sztabu Naczelnego Wodza. Został zrzucony w Polsce w nocy z 1 na 2 października 1942 roku w ramach operacji lotniczej o kryptonimie Gimlet dowodzonej przez kpt. naw. Stanisława Króla. Z dniem 1 października 1942 został mianowany podporucznikiem.
Na placówce odbioru „Zamek” oddział żołnierzy Batalionów Chłopskich pod dowództwem sierżanta Jana Ptaszka ps. „Rzutny” przyjął zrzut broni oraz cichociemnych. Poza Kowalskim byli to: por. Władysław Klimowicz ps. Tama, ppor. Ewaryst Jakubowski ps. Brat, ppor. Marian Gołębiewski ps. Ster, ppor. Stanisław Jagielski ps. Gacek i ppor. Jan Poznański ps. Pływak.
Kowalski dostał przydział do Okręgu Wołyń AK jako instruktor, a od początku 1943 roku komendant Obwodu Zdołbunów wchodzącego w skład Inspektoratu Rejonowego Równe Okręgu Wołyń.
W pierwszej połowie sierpnia 1943 roku został aresztowany przez Gestapo w Zdołbunowie. Rozstrzelano go w dużej grupie więźniów w więzieniu w Równem.
Odznaczenia Krzyż Walecznych – czterokrotnie.