Wyznaczony wiosną 1939 przez DOK VII komendantem planowanej Sieci Dywersji Specjalnej (Pozafrontowej) w Poznaniu. Nie uzyskał kontaktów alarmowych, więc 6 września 1939 udał się do Warszawy i wziął udział w obronie stolicy. Generał Michał Tokarzewski-Karaszewicz zlecił mu 29 września zadanie organizowania Służby Zwycięstwu Polski i Effert wrócił do Poznania. Utrzymywał z organizacją wojskową Stronnictwa Narodowego oraz ze sztabem Wojska Ochotniczego Ziem Zachodnich kontakty konspiracyjne. 21 czerwca 1940 został aresztowany przez Gestapo na podstawie listy proskrypcyjnej. Zwolniony jako były oficer niemiecki po półrocznym śledztwie. Został wysiedlony z mieszkania w Poznaniu i zamieszkał w Naramowicach. Wiosną 1942 pełniący obowiązki komendanta Poznańskiego Okręgu Narodowej Organizacji Wojskowej. Marian Kwiatkowski, powierzył Effertowi funkcję komendanta miasta Poznania. Jednak Edmund Effert związał się wkrótce z Armią Krajową. Inspektor rejonowy AK w Poznaniu, pełnomocnik Henryka Kowalówki do spraw scalenia NOW z AK w latach 1942–1943. Sztab AK przewidywał dla niego stanowisko dowódcy 57 pp AK. W listopadzie 1943 został aresztowany w Poznaniu i w Domu Żołnierza, w Forcie VII oraz w więzieniu w Łodzi przeszedł ciężkie śledztwo. Zginął 7 czerwca 1944 w obozie karnym w Żabikowie.