Współcześnie podejście do zagospodarowania przyrody atolu uległo zmianie. United States Navy, United States Fish and Wildlife Service i Departament Rolnictwa Stanów Zjednoczonych wytępiły szczury na atolu; problemem wciąż pozostają zawleczone tu myszy domowe, które od 2015 roku zaczęły nocami atakować albatrosy, raniąc i zabijając ptaki. Z Eastern Island usunięto zagajnik rzewni, a nowe siewki są na bieżąco likwidowane. W 2008 oceniano, że około 30% powierzchni wysp pokrywają struktury stworzone przez ludzi (lądowiska, budynki), 23% porastają trawy i zioła, 22% krzewy, 18% drzewa, a 7% piasek i goła ziemia. Tylko ok. 0,23% stanowią tereny podmokłe. 3/4 roślin na Midway to gatunki introdukowane.
Na Midway znajdują się największe kolonie lęgowe albatrosów ciemnolicych i albatrosów czarnonogich na świecie. Innymi mieszkańcami atolu są faeton czerwonosterny, atolówka, rybołówka brunatna i atolowa oraz burzykowate. Do rzadkich gości zalicza się albatros krótkosterny. Ogółem ocenia się, że na Midway gnieżdżą się prawie 2 miliony ptaków z 19 gatunków. W 2004 i 2005 roku na Midway sprowadzono z Laysan krytycznie zagrożone krzyżówki białookie.