Od 1995 do 1997 roku pełnił funkcję dyrektora Departamentu Analiz i Badań w Open Media Research Institute w Pradze.
Od 1997 do 1999 był dyrektorem gabinetu politycznego w kancelarii prezydenta Czech Václava Havla i następnie pełnił obowiązki doradcy do spraw polityki zagranicznej przy prezydencie Czech do 2003 roku.
Pehe jest autorem wielu esejów i opracowań, które pojawiły się w prasie światowej i publikacji naukowych. Opublikował także kilka książek, w tym trzy powieści. Od 1999 Jiří Pehe jest dyrektorem zagranicznego oddziału Uniwersytetu Nowojorskiego w Pradze .Strona „New York University” w Pradze .. Jest członkiem International Forum for Democratic Studies Research Council. Jest współtwórcą socjaldemokratycznego think tank CESTA (cz.: DROGA) .. Jego komentarze, jako analityka politycznego, dotyczące bieżących wydarzeń politycznych, są publikowane w czeskiej telewizji, w czeskim radio i wydawnictwach oraz w portalach internetowychWybór komentarzy politycznych na portalu aktualne.cz (cz.).Wybór komentarzy politycznych na portalu Telewizji Czeskiej ..