W archiwach miejskich i państwowych istnieją jednak dokumenty wskazujące, że ogród miał istnieć już w 1713 roku (podawana jest data 11 grudnia). Ogród oznaczony jest na mapach nowej stolicy z 1714 roku. Zlokalizowany został przy dwóch ramionach Newy – Karpowce i Wielkiej Newce, w pobliżu siedziby Prikazu Aptekarskiego, stąd też wyspę tę zaczęto określać mianem Aptekarskiej. Teren ogrodu położony jest dość nisko, co wiązało się z ryzykiem zalania, do czego zresztą doszło w czasie powodzi z 1824 roku. Głównym celem istnienia ogrodu było dostarczanie roślin użyteczności medycznej na potrzeby armii. Stąd znany był on jako Ogród Aptekarski (ros. Аптекарский сад). W modernizującym się państwie rosyjskim pełnił on także funkcje edukacyjno-naukowe. Miał on też za zadanie zbieranie ciekawych i zagranicznych roślin oraz ich odpowiednie przechowywanie, a także badanie. Już w latach dwudziestych XVIII wieku wybudowana została pierwsza szklarnia. W latach trzydziestych XVIII wieku w ogrodzie rosło około 300 gatunków roślin m.in. z rodzajów: rumianek, szałwia, mięta, gorczyca, macierzanka, jałowiec, piwonia i lawenda. W 1736 roku ogród uchodził za jedną z najszybciej się rozwijających tego typu placówek w Europie. Rośliny i drzewa sprowadzano z Europy, Azji, Syberii oraz Chin, wybudowanych zostało też kilka szklarni.