Przed reorganizacją ogród podlegał pod Akademię Medyko-Chirurgiczną, a następnie został przeniesiony w zarząd Ministerstwa Spraw Wewnętrznych. 30 marca 1830 roku, decyzją cesarza Mikołaja I ogród został włączony pod jurysdykcję Ministerstwa Dworu CesarskiegoO. Stapf, The Imperial Botanic Garden of Peter the Great at St. Petersburg, w: Bulletin of Miscellaneous Information (Royal Gardens, Kew), Vol. 1913, No. 7 (1913), s. 246.. W 1830 roku roczny budżet wynosił 4250 funtów, a liczył sobie 22 hektary (około 54 akrów) powierzchni. Roczna dotacja zwiększyła się więc prawie dwukrotnie, ogród otrzymywał teraz co roku 123 tysiące rubli. Za Fischera oprócz dyrektora w ogrodzie pracowało dwóch jego asystentów, sekretarz do spraw naukowych, bibliotekarz i opiekun kolekcji, urzędnik administracyjny, malarz i około 25 ogrodników. W 1834 roku w ogrodzie utworzono nowe stanowiska konserwatora ds. kolekcji oraz fizjologa. Fischer przeszedł na emeryturę w 1850 roku, a zastąpił go Carl Anton von Meyer, który od 1832 roku był asystentem dyrektora. Zmarł on 1855 roku, a jego następcą został Eduard August von Regel.