Sertum Petropolitanum (w 1846, 1852 i 1869 roku).
24 lipca 1863 roku ogród przeszedł pod jurysdykcję Ministerstwa Mienia Państwowego. Potwierdzono formalnie tytuł cesarskiego, a opiekunem ogrodu został wielki książę Mikołaj Mikołajewicz. Kierownictwo ogrodu przejął teraz Ernst Rudolf von Trautvetter, a von Regel został przesunięty na pozycję głównego botanika. Ta reorganizacja zachwiała na jakiś czas pracą naukową w ogrodzie. Reformy te miały sprowadzić rolę ogrodu do zajęcia się przede wszystkim „praktycznym ogrodnictwem”. Z tego powodu zwolnionych zostało większość pracowników stricte naukowych. Ta niekorzystna sytuacja nie trwała długo. Jeszcze w latach sześćdziesiątych praktycznie co roku organizowane były wyprawy naukowe, m.in. na stepy nadwołżańskie, do Dagestanu i Turkiestanu. Nikołaj Przewalski w czasie swojej ekspedycji mongolskiej (1870–1873) zbierał dla petersburskiego ogrodu nasiona i rośliny. Materiały do ogrodu dostarczali też Grigorij Potanin, Wsiewołd Roborowski i Władimir Komarow. W 1873 roku świętowano pięćdziesiątą rocznicę reorganizacji pod nowym szyldem. W swej kolekcji ogród Botaniczny w Petersburgu posiadał 21 320 gatunków. W tym samym roku odbyła się wystawa światowa w Wiedniu, chociaż petersburska placówka nie wzięła w niej bezpośredniego udziału, to wysłała ona swojego przedstawiciela, von Regela.