Badanie molekularne z 2006 wspiera podział fokowatych na dwie monofiletyczne podrodziny: Monachinae, gdzie zaliczają się mirunga (Mirounga), mniszka (Monachus) i Lobodontini, oraz Phocinae, obejmujące nerpę (Pusa), fokę (Phoca), szarytkę (Halichoerus), kajgulika (Histriophoca), lodofokę (Pagophilus), fokowąsa (Erignathus) i kapturnika (Cystophora). W ich obrębie wyróżnia się 2 podrodziny. Monachinae obejmują plemiona Monachini (rodzaj mniszka), Miroungini (słonie morskie) i Lobodontini (foka Rossa, weddelka arktyczna, krabojad, lampart morski). Phocinae podzielono z kolei na Erignathini (foka wąsata), Cystoohorhini (kapturnik) oraz Phocini. To ostatni plemię podzielono dodatkowo na Phocina (foka i szarytka morska) oraz Histriophocina (kajgulik pręgowany, dawniej foka pręgowana i lodofoka grenlandzka, dawniej foka grenlandzka). Niekiedy wyróżnia się trzecią podrodzinę Cystophorinae (czyni tak choćby Koretsky, 2001), zaliczając do niej kapturnika i słonie morskie, co staje w sprzeczności z współczesnymi danymi. Istnieje także koncepcja Cystophorhini obejmujących prócz kapturnika także fokę grenlandzką i pręgowaną.