W roku 1287-1290 wybuchło wielkie powstanie wzniecone przez drigungpę, które ostatecznie zostało jednak stłumione przy pomocy wojsk mongolskich. Kiedy w XIV wieku władza Mongołów w Chinach uległa osłabieniu ich kontrola nad Tybetem stawała się coraz bardziej iluzoryczna, a kraj pogrążył się w wewnętrznych walkach. Ostatecznie wygrała je powiązana z rodem Lang szkoła phagmodru, której przewodził Czangczub Gjelcen. W roku 1354 obalił on władzę sakjapy i trzy lata później uzyskał uznanie tego faktu przez cesarza dynastii Yuan. Wraz z upadkiem jej władzy w Chinach w roku 1368 panowanie mongolskie w Tybecie dobiegło końca.
W okresie panowania mongolskiego doszło do zebrania i uporządkowania przetłumaczonych na tybetański tekstów buddyjskich, które stworzyły tzw. Kandżur, czyli zbiór autorytatywnych wypowiedzi Buddy. Tybetański kanon buddyjski ma jednak charakter otwarty – istnieją różniące się pomiędzy sobą edycje, które mogą zawierać inny zestaw inaczej uporządkowanych tekstów. W redakcji Tandżuru, równie ważnego zbioru autorytatywnych komentarzy do Kandżuru, wielką rolę odegrał sławny tybetański uczony Buton. To także w tej epoce w buddyzmie tybetańskim istotne znaczenie zaczęła odgrywać koncepcja tulku, czyli „przejawionego ciała” buddy lub bodhisattwy, które przyjmuje postać jakiegoś dziecka.